本校的校徽是由嘉志靈神父設計。他講解了內容和構圖，然後由我畫出來。
船，代表教會，在這裏也代表學校。當年屯門是一個漁港，所以校徽畫的是一艘漁船。當然在這裏也含有得人如得魚的意思。
十字星，代表基督的真光，引導漁船（學校）前進，找尋人生的真理。耶穌說：「我是道路，我是生命。」正是這個意思。
背景的山，也就是在學校位置遙望「青山」山脊的輪廓。屯門的古名也叫屯門，但在建校時，屯門這個地各是跟隨這個山名而叫做「青山」的，所以本校的校名也叫「青山天主教小學」了。
校徽的形狀是一個盾。意思是叫我們做「基督的勇兵」戰勝一切困難，去跟隨耶穌。在校舍興建期間，嘉神父曾對我們說過，他希望老師不但在聖經課教聖經，就算在其他科目中，遇到適合的教材，也要把握機會，引領學生認識天主，頌揚天主。
校徽的圖樣，初時是用一些單純的色塊去表達船和海的。可是，嘉神父不滿意這種風格，他一向的觀點是：傳播福音，必須清清楚楚，明明白白，如果畫一個黑影或隨便將一個人物造型，硬說這就是耶穌，我們要信從他，簡直攪笑。所以，那些略有抽象意味的圖樣，便被他否決了，結果就採用了現在的式樣。
多年前，嘉神父已回到天父那裏去了，可是，由於講起校徽，不免使人緬懷往事他的風範和訓誨，如在目前，令人縈迴不已！
青山天主教小學的校徽
在1982年下午校成立時的校徽，
主色由藍色改為綠色
主色由藍色改為綠色
2005年開始使用的全日制校徽